양쪽 음낭 내부에 위치하며, 고환의 바깥쪽에 붙어 있고 반대편은 정관과 연결됩니다.

고환의 뒷부분 측면에 붙어 가느다란 관으로 구성된 기관으로, 한 쪽은 고환과 연결되고 다른 한 쪽은 정관과 연결됩니다. 부고환은 한 개의 매우 가느다랗고 꼬불꼬불한 부고환관이 모여 이루어져 있으며, 이 관을 펼치면 길이가 총 6m 정도가 됩니다. 만약 부고환관의 어느 한 군데만 끊어진다해도 정자가 정관으로 배출되지 못하는 문제가 생깁니다.
부고환은 머리, 몸통, 꼬리 세 부분으로 이루어져 있으며, 부위에 따라 정액의 농도를 다르게 조절합니다.

고환에서 만들어진 정자는 부고환에 임시적으로 머물면서 성숙되고, 이곳을 통과하면서 운동 능력을 갖게 됨으로써 난자와 수정할 능력을 갖추게 됩니다. 오르가즘에 도달하면 근육의 수축으로 부고환에서 정자들이 배출됩니다.

세균에 의해 감염된 소변이 정관을 통해 부고환으로 역류하면 부고환염이 발생합니다. 만약 고환의 뒤쪽이 커지고 심한 통증이 생기거나 음낭의 불쾌한 느낌이 지속되면 부고환염을 의심해 볼 수 있으므로 진료를 받아보시는 것이 좋습니다.

남편의 정액 검사에서 정자가 발견되지 않는 무정자증의 경우 과거에는 임신이 불가능하였습니다. 근래에는 이러한 경우 고환이나 부고환에서 직접 정자를 채취하여 난자로 주입하는 체외수정법을 통해 임신이 가능하도록 합니다.